Henry Jackson Thomas Junior nació en San Antonio, Texas, el 9 de septiembre de 1971. Su vida profesional está marcada por su papel como el niño Elliot en el clásico E.T. El Extraterrestre (ET, The Extra-Terrestrial, EEUU, 1982), de Steven Spielberg. Por esa interpretación obtuvo una nominación al globo de oro y al BAFTA al mejor actor revelación.
Su infancia la pasó en la mencionada ciudad donde cursó el bachillerato. Antes del filme de Spielberg, el joven Henry Thomas había debutado en 1981, en un filme para el cine y en una TV movie que le sirvieron de pasaporte profesional: El Mendigo (Raggedy Man, EEUU, 1981), dirigida por Jack Fisk, al lado de Sissy Spacek, Eric Roberts o Sam Shephard y The Steeler and The Pittsburg Kid (EEUU, 1981), dirigido por Lou Antonio, respectivamente.
A partir del influyente filme dirigido por Spielberg, a diferencia de otros actores infantiles, Thomas no se convirtió en un niño destrozado psicológicamente por los efectos colaterales de la fama. Realizó algunos anuncios publicitarios mientras completaba sus estudios. En el resto de la década de los 80, protagonizó los filmes Elliot (Misunderstood, EEUU, 1984), de Jerry Shatzberg, al lado de Gene Hackman, Juego Secreto (Cloak & Dagger, EEUU, 1984), de Richard Franklyn, El secreto del lago (Frog Dreaming/ The Quest, Australia, 1986), de Brian Trenchard-Smith, El primer Crimen (Murder One, EEUU, 1988), de Graeme Campbell y Valmont (Reino Unido, 1989), de Milos Forman.
En la década de los 90, Thomas optó a papeles ya de adolescente. El realizador Mick Garris (invitado del Festival Isla Calavera 2018) lo escogió para interpretar a un joven Norman Bates en Psicosis IV: El Comienzo (Psycho IV: The Beginning, EEUU, 1990), un filme para televisión. Para ese medio fue visto en Sabor a Muerte (A Taste of Killing, EEUU, 1992), de Lou Antonio, compartiendo cartel con Michael Biehn, en el drama judicial El Caso McMartin (Indictment: The McMartin Trial, EEUU, 1995), de Mick Jackson, junto a James Woods, por el que Thomas fue nominado al globo de oro o El Jinete Púrpura (Riders of the Purple Sage, EEUU, 1996), junto a Ed Harris y Amy Madigan.
Para el cine, la década de los noventa lo lleva a los castings de filmes como Fuego en el Cielo (Fire in the sky, EEUU, 1993), de Robert Lieberman, Leyendas de Pasión (Legends of the Fall, EEUU, 1993), de Edward Zwick, filme que cuenta con un hermoso casting liderado por Brad Pitt, Anthony Hopkins y Julia Ormond, o Suicide Kings (EEUU, 1997), de Peter O’ Fallon, junto a Christopher Walken.
El nuevo milenio resulta tremendamente provechoso para la carrera profesional de Thomas. Filmes como Todos los caballos bellos (All the pretty horses, EEUU, 2000), de Billy Bob Thornton, o Gangs of New York (EEUU, 2002), de Martin Scorsese, cuentan con su presencia en sus repartos.
En el género fantástico, Henry Thomas interviene, en la primera década del milenio, en varios episodios de las míticas series Masters of Horror (2005) y Pesadillas y alucinaciones, de las historias de Stephen King (Nightmares and Dreamscapes: From the stories of Stephen King, EEUU, 2006).
En el filme Ouija, el origen del mal (Ouija: the origin of evil, EEUU, 2016), de Mike Flanagan, vemos a Thomas interpretando a un sacerdote. Con esta película, Henry Thomas se convierte en actor fetiche de Flanagan, iniciando una colaboración con él, que convierten a éste en uno de los cineastas más importantes del género fantástico en EEUU. En estos filmes, la obra literaria de Stephen King figura como motor de inspiración. Los largometrajes y series de televisión que componen esa colaboración entre el actor y el realizador son: el filme de Netflix El Juego de Gerald (Gerald’s game, EEUU, 2017), la serie La Maldición de Hill House (The Haunting of Hill House, EEUU, 2018), la película para la gran pantalla Doctor sueño (Doctor Sleep, EEUU, 2018), secuela, nada menos que de El Resplandor (The Shinning, EEUU, 1980), de Stanley Kubrick, o las miniseries La Maldición de Bly Manor (The Haunting of Bly Manor, EEUU, 2020), Misa de Medianoche (Midnight Mass, EEUU, 2021), y La Caída de la Casa Usher (The Fall of the House of Usher, EEUU, 2023) según la novela de Edgar Allan Poe esta última. Thomas protagonizó en 2023 El Cementerio viviente: Los Orígenes (The Pet Sematary: Bloodlines, EEUU, 2023), de Lindsay Beer, que retoma la saga iniciada en 1989 por Mary Lambert, igualmente en torno a la obra literaria de Stephen King.